Cơ quan trực thuộc

• Văn phòng
• Phòng Kế hoạch
• Phòng Chính trị
• Phòng Tài chính
• Phòng Kỹ thuật
• Phòng Thiết kế mẫu và Nghiên cứu Khoa học

Các Trung tâm

• Trung tâm Tư vấn Xây dựng số 1
• Trung tâm Tư vấn Xây dựng số 2
• Trung tâm Tư vấn Xây dựng số 3
• Trung tâm Tư vấn Xây dựng số 4
• Trung tâm Tư vấn Xây dựng số 5
• Trung tâm Tư vấn Xây dựng số 6
• Trung tâm Quy hoạch hạ tầng - ngầm 1
• Trung tâm Giao thông thủy lợi - cảng - công trình thủy 1
• Trung tâm Tư vấn Dự án và công trình đặc biệt 1
• Trung tâm Khoa học công nghệ và môi trường xây dựng quân sự
• Trung tâm thí nghiệm và kiểm định chất lượng công trình
• Trung tâm Quản lý dự án và tư vấn giám sát 1
• Xí nghiệp KS và KKTNN 1
• Xí nghiệp KS và KKTNN 2
• Xưởng In 1

Phân viện Miền Trung

• Trung tâm tư vấn xây dựng số 9
• Trung tâm Tư vấn dự án và công trình đặc biệt 3

Phân viện Miền Nam

• Ban Kế hoạch hành chính
• Ban Tài chính Kế toán
• Ban Kỹ thuật
• Trợ lý chính trị
• Trung tâm Tư vấn xây dựng số 7
• Trung tâm Tư vấn xây dựng số 8
• Trung tâm Quy hoạch hạ tầng - ngầm 2
• Trung tâm Tư vấn Dự án và công trình đặc biệt 2
• Xí nghiệp KS và KKTNN 3
• Trung tâm Giao thông thủy lợi - cảng - công trình thủy 2
• Xuởng In 2